原重庆市文物考古所。 2000年成立， 2006年独立。

2008年增挂“重庆文化遗产保护中心”牌子。

2011年12月，更名“重庆市文化遗产研究院”，新增信息咨询和培训职能。

2012年9月18日，重庆市文物工作会上“重庆市文化遗产研究院”正式挂牌成立。

2021年经市编委批准更名为重庆市文物考古研究院。

重庆市文物考古研究院（重庆文化遗产保护中心）位于渝中区枇杷山正街72号，系重庆市文化和旅游发展委员会（重庆市文物局）直属文博科研事业单位。考古工作可追溯到1950年代初的西南博物院时期，2000年以重庆市博物馆考古队为班底成立重庆市文物考古所，2006年独立运行，2008年增挂重庆文化遗产保护中心牌子，2011年更名为重庆市文化遗产研究院（重庆文化遗产保护中心），2021年更名为重庆市文物考古研究院（重庆文化遗产保护中心）。

重庆市文物考古研究院（重庆文化遗产保护中心）下设办公室、财务科、基本建设考古办公室、考古研究所、石窟考古中心、大遗址考古和保护中心、建筑遗产研究所、文物修复研究所、文物保管研究所、公众考古中心、后勤科等11个部门，具有考古发掘、可移动文物修复、文物保护工程勘察设计甲级、文物保护工程监理乙级等专业资质，是国家文物局批准的涉案文物鉴定单位。单位宗旨和职能职责是：开展文化遗产研究和保护，传承弘扬历史文化。承担文化遗产的调查与研究，文物的勘探、发掘和修复，文物保护的规划和设计，信息咨询和培训宣传等工作。

重庆市文物考古研究院（重庆文化遗产保护中心）成立20余年来，实施近1000项三峡考古、主动考古、大遗址考古、基本建设考古工作，建立完善了重庆地区考古学文化序列，延伸了巴渝文化源头轴线，在巴文化考古、石窟寺考古、宋元山城考古、盐业考古、冶锌考古、科技考古等领域取得了重要收获。开展170余项勘测、规划、设计、监理等文物保护工作，大力推进重庆古建筑、抗战遗址和革命文物保护，编制完成《长征国家文化公园（重庆段）建设规划》《长江文化公园（重庆段）建设保护规划》。积极推进大遗址保护和考古遗址公园建设，编制《白帝城大遗址保护总体规划》《万州天生城大遗址保护设计方案》等重要文物保护规划和方案。完成25000余件（套）出土文物和馆藏文物的科技修复保护，在水凝胶方法的鎏金青铜器除锈新技术研究、工业CT探伤无损分析、彩绘类文物保护及新型文物清洗材料制备与应用研究、出土热兵器及火药实物研究、生物加固绿色修复研究等方面取得了显著成绩。大力推进考古科技化、数字化发展，建成重庆市文化遗产保护科研基地、动物考古实验室、植物考古实验室。管理运营重庆不可移动文物普查数据库、重庆文物安全巡查督察系统，提供全市文物信息咨询服务。建成重庆考古信息智慧平台、长江流域资源调查数据库，以数字资源为核心，提高文物保护信息化水平。助力文物与旅游深度融合，建成重庆虚拟考古体验馆、重庆考古标本陈列馆、重庆故事馆（“枇杷山宝库”文旅项目）、枇杷山（考古）书院。与社会合作活化利用院区文物建筑，推出沉浸式悬疑剧场、考古咖啡，开展研学旅游等。主持参与国家级、省市级课题研究48项，发表考古简报、学术论文1000余篇，出版学术专著50余部。“重庆考古”微信公众平台年均编发100余期，创办“重庆历史文化大讲堂”“走进考古现场”“文化遗产保护进校园”等公众考古品牌项目，助力行业动态、科研成果广泛传播，营造全民关注文物考古、全民共享考古成果的良好氛围。

重庆市文物考古研究院（重庆文化遗产保护中心）历年获得“全国文化系统先进集体”“全国文物系统先进集体”“全国三八红旗集体”“全国十大考古新发现”“重庆市三峡移民工作先进集体”“重庆市三峡库区文物保护工作先进集体”“重庆市脱贫攻坚先进集体”“重庆五一劳动奖状”“重庆市工人先锋号”“重庆市科技进步一等奖”等50余项国家级、省市级荣誉表彰。